В сентябре 1939 года люфтваффе организационно состояли из четырех воздушных флотов (Luftfiotte), но по мере расширения войны сформировали еще три флота, включая воздушный флот «Рейх», оборонявший небо Германии. Каждый флот имел 200-1250 самолетов, сгруппированных в авиационный корпус. Следующий, более низкий уровень организации — авиадивизия (Fliegerdivision), но часто дивизии непосредственно подчинялись командованию флота.
И корпус, и дивизия состояли из нескольких эскадр (Geschwader),равноценных фуппе Королевских ВВС или крылу ВВС США. Эскадры обозначались в зависимости от типа: KG-бомбардировочные (Kamfgeschwader), JG — истребительные (Jagdgeschwader), NJG — ночные бомбардировочные (Nachtjagdgeschwade), STG — пикирующие бомбардировщики (Stukageschwader), ZG — тяжелые истребители (Zerstoregeschwader), LG — тренировочные (Lehrgeschwader). Позднее, во время войны, Stukageschwader преобразованы в штурмовые (Schiachtgesschwader), сокращенно SG или Sch.G. Эскадра обычно подразделялась на три группы (Gruppe), которые, в свою очередь, состояли из трех или четырех эскадрилий (Staffel) с 9-12 самолетами в каждой.
Один из самых знаменитых организаторов на раннем этапе развития люфтваффе, бывший руководитель «Люфтганза» и представитель министра авиации Эрхард Мильх, который также служил в качестве командующего воздушным флотом в начале войны.
К окончанию войны люфтваффе состояли из 302 эскадрилий с 2370 действующими экипажами и 2564 боевыми самолетами.
Структура люфтваффе имела очевидные преимущества при ведении «блицкрига», но имела и собственные проблемы. Главным недостаток — отсутствие командования бомбардировочной или истребительной авиацией. Это означало, что самолеты оказывались разбросанными в то время, когда по стратегическим соображениям требовалась их концентрация, например в России или при обороне рейха.